南航天目湖校区设立的专业主要有：航空宇航科学与技术、光学工程、交通运输工程、电气工程、仪器科学与技术、信息与通信工程、力学、机械工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、动力工程及工程热物理、材料科学与工程、数学、管理科学与工程、美术学、设计学、统计学、软件工程、安全科学与工程、化学、外国语言文学、法学、公共管理、应用经济学、工商管理、物理、土木工程、车辆工程、生物医学工程、环境科学与工程、兵器科学与技术。