东南大学有120年历史。

东南大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要历史时期。1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在国立中央大学本部原址（今东南大学四牌楼校区）建立南京工学院，1988年恢复东南大学校名。

2000年与原南京铁道医学院、南京交通高等专科学校、南京地质学校合并组建新的东南大学。