乐山师范学院音乐学院于1999年6月创办，乐山师范学院音乐学院是在原乐山师范高等专科学校音乐系的基础上发展起的，开办了第一个专科专业——音乐舞蹈教育，1999年8月招收第一批学生。

2001年经国家教育主管部门批准正式开办四年制音乐学(本科)专业，当年招收本科学生83人（含专升本），在校专科学生136人。音乐学院于2009年7月成立，现开设有音乐学（含音乐教育及音乐舞蹈教育二个专业方向）专业和音乐表演专业，面向全国招收应届、往届高中毕业生。 2001年以来，学校全方位地对音乐学院给予了大力支持，经过全体师生多年的艰苦努力，音乐学院不断发展并成熟起来，其硬件设施建设、教学、科研及学科建设等均获得了长足的进步，教学质量不断提高。

2004年，音乐学院专业在接受四川省教育厅评估中顺利获得了学士学位授予权资格；2006年，在接受国家教育部的本科教学工作水平评估中取得良好成绩。