乡镇卫生院的主要作用有：1、乡镇卫生院以公共卫生服务为主，提供预防、保健、基本医疗等综合服务。

2、加强农村疫病防控，防治农村突发公共卫生事件报告工作，重点控制传染病、地方病，对农民健康、职业病、寄生虫病等重大疾病造成严重损害。

3、认真执行儿童计划免疫。积极开展慢性非传染性疾病防控工作。

4、做好农村妇幼保健工作，提高医院产生率，改善儿童营养状况。

5、积极开展新型农村合作医疗、计划生育技术指导和康复工作。

6、开展爱国卫生运动，普及疾病预防和卫生知识，引导群众改善住房、食品、饮水、卫生条件，引导和帮助农民建立良好卫生。