重庆南开中学知名校友有：

■ 〔朱光亚〕——1941级校友，核物理学家，中国工程院院士、院长，中国科学院院士，1999年获得“两弹一星功勋奖章”。

■ 〔冯元桢〕——教师，生物力学家,生物学科的奠基人，中国科学院首批外籍院士

■ 〔林同冀〕——1938级校友，空气动力学家，中国科学院院士

■ 〔侯虞钧〕——1941级校友，中国科学院院士

■ 〔林华宝〕——1949级校友，新型返回式卫星总设计师，中国工程院院士

■ 〔楼南泉〕——1942级校友，物理化学家，中国科学院院士