清华大学自动化系(Department of Automation, Tsinghua University)隶属清华大学信息科学技术学院，已发展成为中国自动化领域高水平人才培养和科技创新基地，引领着中国自动化教育和控制科学与工程学科的持续创新。

清华大学自动化系成立于1970年;1979年7月，清华大学统筹进行专业布局调整，将原来在计算机系(即前自动控制系)从事自动控制理论研究与教学的部分教师并入自动化系，加强自动化学科的理论基础，成立了控制理论教研组;1999年，自动化系配合学校进行的体制改革，将原有的8个教研组调整为6个研究所。据2020年8月清华大学自动化系官网显示，自动化系设置1个本科专业; 下设1个一级学科；7个二级学科，均拥有硕士、博士学位授予权; 有教师89人，其中教授、研究员40人，副教授、副研究员40人，助理教授、助理研究员9人。