16年数学全国卷1是由教育部考试中心出的。

因为教育部考试中心是负责管理和组织全国各类考试的部门，他们会设计和出题，安排考试时间和地点等。而16年数学全国卷1是全国范围内进行的一次考试，因此出题单位也就是教育部考试中心。值得注意的是，教育部考试中心除了全国考试外，也会有所辖区域内的考试，例如中考、高考等。这些考试也是由教育部考试中心组织和管理的。