截至2016年9月，菏泽学院设有社会科学系、生命科学菏泽学院校园景色(10张)系、文学与传播系、体育系、法律系、资源与环境系、经济管理系、园林工程系、外国语系、物科学与技术系、美术系、蒋震机电工程学院、音乐系、初等教育系、教育科学系、学前教育系、数学系、物理与电子工程系、计算机与信息工程系、化学化工系、继续教育学院、远程教育学院、教师教育学院23个教学单位，有54个普通本科专业；

40个普通专科专业，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学等10大学科门类。[