西湖大学与复旦大学联合培养的一级学科专业包括：生命科学学院：生物学（0710）、基础医学（1001）。

理学院：数学（0701）、物理学（0702）、化学（0703）。工学院：光学工程（0803）、材料科学与工程（0805）、电子科学与技术（0809）、计算机科学与技术（0812）、环境科学与工程（0830）。西湖大学于浙江大学联合培养的一级学科专业包括：生命科学学院：生物学（0710）、生物医学工程（0831）、基础医学（1001）、药学（1007）。理学院：物理学、数学,化学。工学院：机械工程（0802）、光学工程（0803）、材料科学与工程（0805）、电子科学与技术（0809）、计算机科学与技术（0812）、环境科学与工程（0830）。