1949年5月，安东海军学校创建。

同年11月22日，在原安东海军学校的基础上，创建大连海军学校，下设指挥、机械工程两个系。1950年12月，大连海军学校机械工程系扩编为海军学校第二分校。1952年，海军学校（机械分校）、陆军第198师直属机构合并组建第二海军学校。1954年，第二海军学校更名为海军机械学校。1955年，海军第六预备学校创建。1957年，海军第六预备学校、海军炮兵学校（军械系）、海军海道测量训练大队合并组建海军技术学校。1960年，海军技术学校更名为海军军械学校。1961年，海军机械学校升格为海军工程学院。1969年，海军军械学校撤销。1970年，海军工程学院、海军通信学校（部分）、海军军械学校（部分）合并组建第二海军学校。1975年，第二海军学校升格为海军工程学院。1999年，海军工程学院、海军电子工程学院合并组建海军工程大学。

2004年，海军后勤学院并入海军工程大学。1983年获得硕士学位授予权，1986年获得博士学位授予权，1996年设立博士后科研流动站，1997年在全国首批获得工程硕士专业学位授予权。