郑州大学共设有45个院(系)，如：商学院、政治与公共管理学院、法学院(知识产权学院)、文学院、新闻与传播学院、外国语与国际关系学院、马克思主义学院、教育学院、哲学学院(老子学院)、历史学院(中原历史与文化研究院)、信息管理学院、体育学院(校本部)、音乐学院、美术学院、书法学院等。

其中，理工类院系有：水利与环境学院、物理工程学院、机械工程学院、电气工程学院、信息工程学院等；人文类院系有：文学院、历史学院、外语学院等。