部分校区在市中心。

东京大学一共有十五个校区，数量是十分惊人的。本乡总校区：东京都文京区40.27公顷浅野校区：东京都文京区4.37公顷弥生校区：东京都文京区11.28公顷理学系研究科附属植物园：东京都文京区16.08公顷驹场校区：东京都目黑区35.20公顷教育学部附属中等教育学校、海洋研究所：东京都中野区4.87公顷白金校区：东京都港区7.2公顷农学生命科学研究科附属农场：东京都西东京市31.36公顷三鹰校区：东京都三鹰市6.88公顷农学生命研究科附属牧场：茨城县西茨城郡36.12公顷物性研究所、宇宙线研究所、新领域创成科学研究科：千叶县柏市23.75公顷检见川校区：千叶县千叶市32.3公顷农学生命科学研究科附属农场二宫果树园：神奈川县中郡3.93公顷医科学研究所附属奄美病害动物研究设施：鹿儿岛县大岛郡0.88公顷农学生命科学研究科附属爱知演习林：爱知县濑户市1264.63公顷