喀什大学的前身是喀什师范学院，是二本院校。

1978年8月，经国家教育部批准，学校升格为本科院校，更名为喀什师范学院开始承担硕士研究生培养任务。

2002年6月，华中师范大学和喀什师范学院在北京签订了《华中师范大学与喀什师范学院对口支援协议书》，使华中师范大学和喀什师范学院较早成为了教育部"对口支援西部地区高等学校计划"的支援与受援学校。

2003年6月，经国务院学位委员会审核，学院获得硕士学位授权单位资格，开始承担硕士研究生培养任务。从建校到1979年底的17年间，学院是新疆5所高等院校中唯一的一所高等师范院校。

2012年5月，喀什地委办公室、行署办公室联合下发《关于成立喀什大学筹建工作领导小组的通知》，这标志着喀什大学筹建工作正式启动。

2015年4月29日，教育部同意将喀什师范学院更名为喀什大学。

2015年5月29日，喀什师范学院科学会堂举行喀什大学揭牌仪式，喀什师范学院正式更名为喀什大学。