学校由教育部于1982年创办，联合国儿童基金会予以资助支持，初名“南京特殊教育师范学校。

2002年升格为大专院校，更名为“南京特殊教育职业技术学院”。

2015年升格为普通本科高校，更名为“南京特殊教育师范学院”。截至2020年10月，学校有燕子矶主校区和江宁分校区，占地面积501.2亩，校舍建筑总面积18万平方米。