复旦大学最好的专业包括数学、新闻传播学、临床医学和经济学。

其中，数学与应用数学在全国具有领先地位，临床医学学科在国内属于顶尖水平，经济学科步入全国顶尖行列，而复旦新闻则在上海新闻界人脉处于垄断地位。 此外，复旦大学的哲学、理论经济学、政治学、中国史、马克思主义理论、中国语言文学等专业也是最好的专业之一。