佳木斯大学位于佳木斯市向阳区。

院系分为ABCD院在一起，其他校区如临床医学院、口腔医学院、农学院等分开。佳木斯大学设有25个二级学院（理学院、药学院、生命科学学院、外国语学院、信息电子技术学院、材料科学与工程学院、机械工程学院、经济管理学院、人文学院、体育学院、美术学院、音乐学院、商学院、建筑工程学院、医学院、基础医学院、留学生教育学院、旅游管理学院、公共卫生学院、检验医学院、护理学院、教育科学学院、警官职业学院、临床医学院（第一附属医院）、口腔医学院（第二附属医院）、康复医学院（第三附属医院）），以及1个国际教育学院和继续教育学院；开设76个本专科专业。