数学学院现有数学与应用数学、信息与计算科学和统计学三个本科专业。

属于工程学院:东南大学信息科学与工程学院（Southeast University School of Information Science and Engineering）是东南大学二级学院，为国家集成电路人才培养基地，是中国信息产业最重要的人才培养、科学研究和技术创新基地之一。