在国内排名第6位，世界排名141位。

学校前身是1905年创办的复旦公学，是中国最早由民间创办的高等学校之一。上海医科大学前身是1927年创办的国立第四中山大学医学院，是中国自主创办的国立高等医科院校。

2000年，复旦大学与上海医科大学合并，组建新的复旦大学。

2017年，学校入选“双一流”建设高校A类名单。