北京交通大学和南京理工大学在学科方面的对比，需要从多个角度进行观察和评估。

1. 从全国排名和学科评估的角度来看，南京理工大学在总体上具有较前的排名。在软科中国大学排行榜中，南京理工大学在2022年全国排名第33名，而北京交通大学排在第40名。另外，在学科评估方面，北京交通大学的 信息与通信工程、计算机专业强于南京理工大学，而南京理工大学的自动化专业与北交大致相当。

2. 从科研成果的角度来看，南京理工大学在科研方面相对较强。南京理工大学在科研成果方面相对较强，这也反映在他们的学科排名上。综上所述，两所大学在学科方面都具有各自的特色和优势，无法简单地判断哪个更好。对于具体选择哪所大学，还需要根据个人兴趣、专业需求、学术目标等因素进行综合考量。