南京师范大学的优势专业，是师范类专业，包括教育学、小学教育、数学与应用数学、幼儿教育心理学、美术、地理学等。

南京师范大学是以师范类为特色的重点高校，其所拥有的国家级特色专业汉语言文学、新闻学、地理信息系统、动画、生物科学、法学、小学教育、数学与应用数学，包括列为卓越教师培养计划的幼儿教育专业，多为师范类专业。在第三轮学科整体水平评估中，根据学位中心公布的评估结果，南京师范大学参评的27个一级学科中，共有7个学科的排名进入全国前十，具体是：教育学、马克思主义理论、地理学、外国语言文学、戏剧与影视学、心理学、美术学，其中教育学位列全国第三。