西南大学蚕学与系统生物学研究所是由1993年批准成立的农业部蚕桑学重点实验室以及2000年成立的重庆市首批蚕桑学重点实验室发展建成，并在2005年组建教育部蚕学与基因组学重点实验室， 同时进入“211”重点建设学科。

目前，研究所已经发展成为我国蚕桑学基础和应用基础研究、产业技术研发和高级专门人才（硕士、博士）培养的重要基地。研究所所在的“特种经济动物饲养学科”于2002年被评为国家重点学科。