重庆交通大学的最好专业有：土木工程,港口航道与海岸工程,水利水电工程,工程管理,工程造价，会计学,建筑学,给水排水工程,船舶与海洋工程等。

学校现本科专业42个，分属5大学科门类。土木工程、港口航道与近海工程、交通运输工程、工程管理等4个专业为重庆市品牌专业。学校拥有重庆市“十一五”重点学科4个，即桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、港口、航道与近海工程和管理科学与工程，重庆市“十一五”立项建设重点学科3个，即工程力学、材料学和载运工具运用工程。