地理科学学院肇始于1907年创办的“福建优级师范学堂”之史地专科。

1952年福建师范学院始建地理系，1958年成立中科院华东分院福建地理所（1964年更名为福建地理研究所）；1970年（文革期间）系所均被迫停办；1972年和1982年先后复办福建师范大学地理系（后增设旅游系和土地与城市系）和地理研究所；1999年8月，由地理系和地理研究所组建地理科学学院（2004-2009年，旅游学院挂靠在地理科学学院）；2019年学院被授予“全国教育系统先进集体”荣誉称号。