贝肯鲍尔执教过德国国家队和拜仁慕尼黑足球俱乐部。

1984 年，贝肯鲍尔在德国国家队挂靴后，正式出任联邦德国队主教练，先后率领联邦德国队夺得 1986 年世界杯亚军和 1990 年世界杯冠军。

1994 年，贝肯鲍尔出任拜仁慕尼黑足球俱乐部主教练，帮助球队夺得 1994-95 赛季德甲联赛冠军和 1995-96 赛季欧洲联盟杯冠军。

此外，贝肯鲍尔还执教过马赛足球俱乐部、汉堡足球俱乐部等球队。