色素通常是有机物，而且很多含有能电离氢离子的基团如羧基，也就是说许多色素是有机酸。

色素离子指的就是有机酸电离后的阴离子。一般生物体内的电子传递是从氧化还原电位低的方向朝高的方向，例如，有以nad→黄素酶→细胞色素c系→o2这样的方式进行的倾向，但也有因酶的特异性及其抑制 ，细胞色素c是一种细胞色素氧化酶，是电子传递链中唯一的外周蛋白，位于线粒体内侧外膜