要建造米加小镇兔子三楼大别墅仓库里的秘密基地，首先需要规划设计。

选择一个合适的区域，确保有足够的空间。然后，进行基础建设，包括墙壁、地板和天花板的搭建。接下来，安装必要的设施，如监控系统、安全门和密码锁等，以确保秘密基地的安全性。在内部设计方面，可以考虑添加隐藏的储物空间、秘密通道和假墙等特殊设计，以增加隐蔽性。最后，根据个人需求，装饰和布置秘密基地，使其看起来与普通仓库无异。记得保持秘密基地的机密性，只与可信任的人分享。