根据《个体工商户条例》，办理养殖场程序如下：1、先跟村里或土地经营者签订土地流转合同，确定养殖用地性质及其范围。

再向当地政府提出养殖项目申请，当地政府工作人员对养殖用地进行实地勘察，对符合条件的，出具同意养殖项目的批复意见和适养区证明，并发函告知当地畜牧兽医局。

2、经过县农委立项之后，向当地国土部门申请建设指标，国土部门核准后出具证明，值得注意的是，有可能需要缴纳一笔复耕保证金。

3、向当地兽医畜牧局提交畜禽养殖发展规划书，经审核后，兽医畜牧局出具符合养殖发展规划证明。

4、向环保和检疫部门申请办理环保手续和动物防疫条件合格证，环保证明和动物防疫条件合格证很重要，无证建设存在很大的风险。

5、向国土部门申请养殖用地和备案，取得备案后带上办齐全的证件到工商部门申请办理登记注册手续，领取营业执照