毁坟是一种非常严重的行为，不仅侵犯了他人的合法权益，也违反了社会公德和道德规范。

如果在对方不知情的情况下毁了别人的祖坟，应该采取以下措施进行赔偿：道歉：首先，应该向受害人道歉，表达自己的歉意和愧疚之情。赔偿：其次，应该对受害人进行赔偿，包括修复祖坟、赔偿经济损失等。协商：在赔偿过程中，应该与受害人进行充分的协商，尽量达成双方都能接受的赔偿方案。合法性：赔偿行为应该符合法律法规的规定，不得违反法律法规。总之，毁坟是一种非常严重的行为，应该采取积极的措施进行赔偿，以弥补受害人的损失，并尽量减少不良影响。同时，也应该加强道德教育，提高公民的社会责任感和道德素质，避免类似事件的发生。