一种病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，包括以下步骤：确定核心背景微生物列表：取若干生物样本，测序，获得高频且稳定出现在样本中的微生物种类，并获得该微生物的特异性比对序列数，将相应样本的核酸提取浓度或文库浓度与该微生物的特异性比对序列数进行相关性检验，得到相关性呈负相关的微生物列表，去除此列表中既是背景又是病原的微生物以及常见微生态细菌，即得核心背景微生物列表。