南京市拥有多所211工程重点建设的高等院校，其中包括：

1. 南京大学（Nanjing University）：简称“南大”，是中国最早的国立大学之一，也是全国重点大学。

2. 东南大学（Southeast University）：简称“东大”，是中国著名的工科大学，以工科见长。

3. 中国药科大学（China Pharmaceutical University）：简称“药大”，是中国的药学教育研究中心。

4. 南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology）：简称“南理工”，是一所以工为主，理、工、文、经、管、法等多学科协调发展的全国重点大学。

5. 南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）：简称“南航”，是一所以航空航天为特色的全国重点大学。这些高校都是中国高等教育的重要基地，为国家培养了大批优秀人才。