当房产租金低于市场价值时，房产税的缴纳应基于房产的实际价值而非租金收入。

首先，您需要了解当地税务局对房产估值的规定和流程。通常，税务局会根据房产的位置、大小、年代等因素来估算其市场价值。然后，根据该估值的一定比例（如1%）来计算年房产税。如果您认为税务局的估值过高，可以提出异议并申请重新评估。提供相关的市场数据或专业估价报告以支持您的申请。一旦获得新的估值，即可按照该估值计算并缴纳房产税。请注意，每个地区的具体规定可能有所不同，因此建议您咨询当地的税务专家或相关部门获取更准确的指导。