受条件所限，日本养殖业不发达，禽畜等产生的有机肥量很少，因此日本农业生产，尤其是蔬菜和大田作物，对化肥、农药的依赖度很高。

据FAO的数据显示，日本化肥用量为467kg/公顷，是世界平均用量的4.5倍，是中国的两倍，仅次于荷兰、比利时，列世界第三位。同时，海洋性气候，这致使作物更易发生病害，因此，日本农药的平均用量高居世界首位。但是由于工艺先进，其农药降解速度快，往往只要使用后降解一天，就能达到上市的安全标准。同时，日本农产品可追溯性很强，一旦发生安全事故，基本就断了以后的生路。