上海海洋大学专科批次专业包括：水族科学与技术，水生动物医学，水产繁殖学，食品科学与工程农林经济管理，生物科学，学前教育专业，商务日语专业，海洋渔业科学与技术，水生动物医学，电子信息工程专业，车床加工专业和汉语言文学专业等等。

学院还设置了水产与生命学院，海洋科学学院，食品学院，经济管理学院，工程学院，信息海洋学院，海洋生态与环境学院，海洋文化与法律学院，爱恩学院等14个学院部。