如果店铺因为自然灾害等原因被水淹，店铺经营者可以向相关保险公司申请进行赔偿。

但具体是否能得到赔偿，需要根据保险合同的条款和保险公司的处理程序来决定。因此，建议店铺经营者在购买保险时要仔细阅读合同条款，确认保险范围与赔偿条款，并妥善保管相关证件和数据，以备不时之需。