答：碳在生态系统中主要是以二氧化碳的形式循环。

生态系统中的碳循环过程是大气中的二氧化碳→绿色植物通过光合作用转变成有机物，一部分通过自身呼吸作用产生二氧化碳，又释放到大气中，一部分通过食物链进入到消费者体内，再通过消费者和分解者的呼吸作用和分解作用产生二氧化碳释放到大气中。所以，碳在生态系统中主要是以二氧化碳的形式循环。