原核生物的繁殖都不遵循，真核生物进行无性生殖也不遵循，然后还有一个就是两对基因在同一对染色体上也不遵循（遵循基因连锁互换规律，这是摩尔根提出来的）。

因为孟德尔遗传是针对真核生物有性生殖过程中的细胞核遗传，只要不在这个范围都不遵循。叶绿体和线粒体都是存在于细胞质中的，并不是细胞核内的遗传物质，孟德尔遗传定律的重要基础在于细胞核内遗传物质的同源重组，所以叶绿体和线粒体不符合孟德尔的遗传定律，他们都遵循母系遗传。