一、位置不同1、质基因：是指细胞质中存在的一个个基因。

2、核基因：是真核生物中位于细胞核内染色体上的基因。

二、遗传方式不同1、质基因：细胞质基因遗传方式为母传子代2、核基因：核基因遗传方式为父传子代三、基因组不同1、质基因：相应的全部细胞质基因构成一个细胞质基因组，其中包括线粒体基因组和叶绿体基因组等。

2、核基因：核基因组是一个单纯的DNA或RNA分子，因此又称为基因带，通常也称为它的染色体。