根据核酸探针的序列特点,可将FISH探针分为三大类:重复序列探针、单一序列探针和全染色体涂抹探针。

重复序列探针(rEpEtitivE sEquEnCEs proBEs)是指与某条特定的染色体结构结合、特异识别重复DNA序列的探针如着丝粒探针、端粒探针等。一般来说,不同的染色体,着丝粒重复序列中的核苷酸序列也不同,但端粒重复序列不具有染色体特异性。单一序列探针(UniquE sEquEnCE proBEs)与某条染色体上特定的区域或基因的单拷贝DNA序列杂交。包括带特异性探针(BAnD spECiAl proBEs)和基因座特异性探针(LoCus SpECiFiC proBEs)等。全染色体涂抹探针(wholE ChromosomE pAintinG proBEs, WCP)是识别一条特定染色体全长上的单一序列探针的混合物。