合肥磨店地区主要有两所大学：安徽中医药大学和安徽职业技术学院。

安徽中医药大学是一所具有悠久历史和深厚文化底蕴的省属重点大学，以中医药教育为主体，多学科协调发展。学校拥有丰富的教育资源和良好的学术氛围，为国家培养了大量中医药人才。安徽职业技术学院则是一所以工科为主、文理科协调发展的综合性高职院校。学院注重实践教学和学生技能培养，为社会输送了大量应用型技术人才。这两所大学在磨店地区形成了独特的文化氛围和教育环境，为当地及周边地区的发展做出了重要贡献。