南京大学研究生学费标准因专业和学制不同而有所差异。

全日制学术型研究生学费标准为8000元/年或40000元/年。全日制专业学位研究生学费标准为10000元/年到20000元/年不等。在职研究生学费也因专业和学制不同而有所差异，如南京大学在职工商管理硕士的学费大概是3-5万元左右。非全日制学位研究生学费从最低25000元到254000元不等，学制2至3年不等。