员工赔偿应计入“应付职工薪酬”科目。

当企业支付员工赔偿时，借方记“应付职工薪酬”，贷方记“银行存款”或“现金”。如果赔偿金额在工资中扣除，则借方记“应付职工薪酬”，贷方记“银行存款”或“现金”，同时借方记“管理费用”或相关成本费用科目，贷方记“应付职工薪酬”。