EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay）探针设计主要涉及两个步骤：DNA或RNA探针的合成和标记。

首先，根据目标蛋白结合的DNA或RNA序列，设计一个包含特定结合位点的单链寡核苷酸片段作为探针。该序列应精确匹配目标蛋白的结合位点，以确保特异性结合。长度通常为20-30个碱基对，以保证足够的特异性同时避免非特异性结合。其次，在探针的5'端或3'端标记放射性同位素（如32P）或其他荧光分子，以便于检测。使用T4多核苷酸激酶进行放射性标记，或使用荧光标记试剂盒进行荧光标记。最后，通过凝胶电泳分析，观察探针与目标蛋白的结合情况，从而评估目标蛋白的活性。