昆三中高一新生入校后，可以自愿报名理科实验班和文科实验班，理科实验班除了参考中考语数外、物理、化学成绩以外，还将加试数学、物理、英语科目，按照从高到低的顺序进入实验班。

文科实验班参照中考语文、数学、外语，按照从高到低的顺序进入实验班。剩下的学生将平行分班，为了方便管理与教学质量评价，各班男女比例、各科平均分、总分平均分均保持一致。