重庆主城的知名花卉种植基地主要集中在以下几个区域：

1. 巴南区：这里有许多大型的花卉种植企业，如重庆花木世界、天坪山花卉基地等。

这些基地主要种植有桂花、紫薇、杜鹃等观赏植物。

2. 北碚区：这里拥有重庆自然博物馆附近的重庆盆景园，以及静观镇的腊梅基地，是腊梅的重要产地。

3. 渝北区：统景镇有著名的印盒李花生态旅游区，每年春季李花盛开时吸引众多游客前来赏花。

4. 九龙坡区：白市驿有重庆最大的鲜切花生产基地，以玫瑰、康乃馨等鲜切花为主。

5. 南岸区：广阳岛上有丰富的花卉资源，包括薰衣草、向日葵等，是一个集观光、休闲于一体的花卉种植基地。以上几个地区的花卉种植基地各具特色，为重庆主城的绿化和美化做出了重要贡献。