两层门面的菜鸟驿站和超市可以根据需求和空间进行合理布局。

首先，菜鸟驿站可以设置在一层，提供快递寄送、取件等服务；而超市可以设置在二层，提供日常生活用品、食品等商品的销售。在设计上，可以考虑在一层的门面设置快递柜和取件窗口，以方便快递员和用户的操作；在二层则设置超市货架、收银台等设施，以提供便捷的购物体验。通过合理规划，菜鸟驿站和超市可以在有限的空间内同时运营，满足消费者的不同需求。