南京的三本大学主要包括：

1. 南京大学金陵学院：位于南京市浦口区，是南京大学申办的独立学院，以培养应用型人才为主。

2. 东南大学成贤学院：位于南京市江宁区，是东南大学申办的独立学院，以工科专业为特色。

3. 南京航空航天大学金城学院：位于南京市溧水区，是南京航空航天大学申办的独立学院，以航空、航天类专业为特色。

4. 南京理工大学紫金学院：位于南京市栖霞区，是南京理工大学申办的独立学院，以理工科专业为特色。

5. 南京审计大学金审学院：位于南京市浦口区，是南京审计大学申办的独立学院，以财经类专业为特色。这些三本大学在各自领域内具有较高的教学质量和就业前景，为学生提供了良好的学习和成长环境。