氢燃料电池根据不同的分类方式，可以有以下几种类型：按燃料电池的运行温度划分，可分为低温燃料电池（如PEMFC，温度在100℃以下）、中温燃料电池（如DMFC，温度在100～250℃）和高温燃料电池（如SOFC，温度在250℃以上）。

按燃料电池的电解质划分，可分为质子交换膜燃料电池（PEMFC）、固体氧化物燃料电池（SOFC）、磷酸盐燃料电池（PAFC）、熔融碳酸盐燃料电池（MCFC）和碱性燃料电池（AFC）等。按燃料电池的运行方式划分，可分为直接甲醇燃料电池（DMFC）、再生甲醇燃料电池（RF-DMFC）、间接甲醇燃料电池（I-DMFC）和二甲醚燃料电池等。按燃料电池的电解质性质划分，可分为固体电解质燃料电池（SOFC）、固体电解质-液体电解质燃料电池（S-LFC）、固体电解质-液体电解质-气体电解质燃料电池（S-L-GFC）和固体电解质-固体电解质燃料电池（S-SFC）。按燃料电池的用途划分，可分为移动式燃料电池（用于移动设备）、固定式燃料电池（用于发电站、移动式电源和紧急电源等）和便携式燃料电池（用于移动设备、军事装备和便携式电源等）。按燃料电池的能量规模划分，可分为大型燃料电池（功率为数千瓦至数百千瓦）、小型燃料电池（功率为数百瓦至数千瓦）和微型燃料电池（功率为数十毫瓦至数百毫瓦）。按燃料电池的堆叠方式划分，可分为单极板堆叠式燃料电池、双极板堆叠式燃料电池和夹心式堆叠式燃料电池等。按燃料电池的工作压力划分，可分为常压燃料电池、低压燃料电池和高压燃料电池等。