新疆地区主要种植的棉花种类有陆地棉（Gossypium hirsutum）和长绒棉（Gossypium barbadense）。

其中，陆地棉种植面积较大，因其适应性强、产量高、纤维品质好而广泛种植；长绒棉则因纤维较长、强度高、弹性好等特性，主要用于高端纺织品生产。这两种棉花在新疆的气候和土壤条件下生长良好，为当地经济发展和纺织工业提供了重要原材料。