在农村注册养殖公司，首先需要准备以下资料：

1. 公司名称：选择3-5个备选名称，到工商局进行企业名称预先核准。

2. 注册资本：确定公司的注册资本及股东出资比例。

3. 经营范围：明确公司的养殖种类和经营项目。

4. 注册地址：提供养殖场的详细地址及相关证明文件。

5. 法定代表人：确定公司的法定代表人和监事人选。

6. 其他资料：如公司章程、股东身份证明等。完成以上准备工作后，按照以下步骤办理注册手续：

1. 向工商局提交上述资料，申请设立登记。

2. 工商局审核通过后，领取营业执照。

3. 凭营业执照到税务局办理税务登记，并按规定报税。

4. 如需开展进出口业务，还需办理海关登记。

5. 根据需要，办理银行开户、社保登记等相关手续。请注意，具体流程可能因地区而异，建议向当地工商局咨询详细要求。