南京市的二本大学主要包括：

1. 南京工程学院：以工程学科为特色，涵盖多个领域的综合性院校。

2. 南京晓庄学院：以师范教育为特色，培养基础教育师资的重要基地。

3. 南京审计大学：以审计、会计为特色，是中国审计教育的发源地之一。

4. 南京财经大学：以经济、管理学科为主，是江苏省重要的财经人才培养基地。

5. 南京体育学院：以体育学为特色，培养体育专业人才的高等学府。

6. 南京艺术学院：以艺术学为特色，是中国最早的艺术院校之一。

7. 南京特殊教育师范学院：以特殊教育和手语翻译为特色，培养特殊教育人才的专业院校。这些学校各具特色，为学生提供了丰富的教育资源和良好的学习环境。